第二日早朝，商鞅便向秦惠文公提出辞去左庶长及大良造二职，意欲退隐。秦惠文公虽有罢免商鞅之意，但自己刚刚即位，其又无过错，便说：“商君辛苦劳累，左庶长可辞，大良造不可辞也。”于是，秦惠文侯免去商鞅的左庶长一职，命大夫操为左庶长。
商鞅辞去左庶长，意欲退隐的消息很快在秦国传开来。这下可乐坏了那些反对变法的权臣贵族。特别是昔日的太师公子虔、太傅公孙贾、曾被流放的大夫杜执等，皆纷纷入宫拜见秦惠文公，述说商鞅之罪过。公子虔向秦惠文公蛊惑说：“老臣曾听说：‘臣权重，则国危；内侍太亲，则身危。’今在秦国，妇孺皆知商君之法，莫言国君之法也。庶民百姓皆以为，商君为主，主公反为臣矣。且商君虽名义意欲隐退，必与主公仇雠哉！望主公速图之。”秦惠文公听罢说：“商鞅此贼，寡人亦恨之久矣。只是其为先君老臣，又有先君遗嘱，尊其为师，岂敢违命乎？”公子虔又挑拨说：“商君为人之凶残，日久必反之，望主公勿要迟疑，尽早铲除祸患焉。”秦惠文公却说：“爱卿所言甚是，只是其反形未彰，不可无罪而刑之，姑且容其旦夕。”公子虔见秦惠文侯一时还无除掉商鞅之意，只有摇头叹息，然后告退。
其实，秦惠文侯并非不想除掉商鞅，而是有秦新法所制约，不可杀无罪之人。但是，对商鞅的权势还是很担忧的。先父秦孝公能够驾驭商鞅，自己能否驾驭还是很难说的，因此，一定要削其权柄。十几日后，秦惠文侯便寻找借口，免去商鞅的大良造的职务，使其回於、商封邑，颐养天年。
商鞅被解除职务后，自知与秦惠文侯的仇怨难解，在咸阳的积怨甚多，回到府中，便命尸佼收拾东西，准备回归於、商封邑。可是，商鞅在咸阳经营二十余年，受到的赏赐甚重，财物太多，足足装了几十车，几乎不在当年的公子缄之下。当商鞅带着自己的家属及门客，离开咸阳时，队伍庞大，仪仗堪比诸侯。朝中的昔日好友皆来送行，朝署空荡。公子虔闻知心中惊惧，暗想：“如此看来，商鞅此贼，势力甚大，若日后聚众造反，无人可敌也。今若不除之，将遗患无穷哉！”想到这里，便急匆匆前往咸阳宫中拜见秦惠文侯。
秦惠文公解除商鞅的各个职务，命其回归於、商封邑，似乎免去了自己的一块心病，心情也很舒畅，至于商鞅的财物之多，皆是先父秦孝公之赏赐，没有在意，朝中群臣相送，也是情理之中，也不放在心上。这时，只见太师公子虔慌慌张张的来到宫中拜见，不知出了何事，便问：“爱卿，何事如此惊慌乎？”公子虔哭拜于地说：“主公危，秦将亡，岂能不哭哉！”秦惠文公闻听大惊说：“爱卿所言差矣。寡人刚即君位，何危之有，秦刚强盛，何言亡乎？”公子虔说：“主公何以放商鞅归於、商封邑耶？放虎归山，必为秦之祸患也。”秦惠文公却毫不在意的说：“爱卿勿虑也。寡人已削其权柄，而於、商乃先君所赐其封邑，不足虑矣。”公子虔却说：“主公所言差矣！商鞅凶残狠毒，其财物之丰，门客之众，朝中群臣倾巢而送之，可见势力之强大。若回到於、商兴兵反之，杀入咸阳，恐无人能敌也。如此，主公必危，秦将为商鞅之秦，岂不亡乎？”秦惠文侯闻听，大惊失色说：“爱卿所言甚是也，此贼不除终是后患焉。爱卿以为该如何？”公子虔说：“当今之计，唯有速速派兵马剿杀之，方为上策也。”秦惠文侯听罢，便传旨，命左庶长操为大将军，公孙贾为副将率军三千，前往追赶商鞅。
这时商鞅的车队由于物丰人众，行走的比较缓慢，离开咸阳不过几十里路。尸佼坐在最后一辆车上押后，忽见后面远处尘土飞扬，有大队兵马前来的样子。便急急忙忙赶往前车，报于商鞅说：“以仆观之，后面尘土飞扬，必有大军前来，恐主公变心，吾等危矣。”商鞅听罢说：“兄言甚是也。新君见罪于鞅久矣，欲避之难也，恐大祸将至之。鞅死不足虑，恐累及兄等众门客焉。当速召众人，分其财物，各奔他乡，方为上策哉！”说罢命尸佼召集所有跟随人员，均分其才，令各寻生路。虽有些门客不忍离去，但经商鞅劝说，各自而去。当人们散尽，只剩下商鞅眷属，此外只有尸佼等几名亲随。他们皆改换服装，抛弃车帐，离开大路，奔荒野之地而去。
当左庶长操与公孙贾率秦军到来时，人是踪影皆无，只剩下一些车帐。二人只好命兵士收拾车帐，返回咸阳复命。秦惠文公闻听，便依公子虔之意，传旨在秦国各地缉拿商鞅。
商鞅远远藏于荒野之中，见左庶长操率军离去，心中稍安，然后与尸佼等带领眷属，意欲逃奔魏国。待到深夜之时，他们是疲惫以极，便来到一家小客栈投宿。店主见一行数人到来，便索要身贴验照。商鞅深知，现在秦国各地都在搜捕自己，哪里还敢言明自己的身份，只好推说，出门仓促，未曾携带。那店主说：“汝可知商君之法乎？客栈不许留宿无贴之人，违者斩之。因而，恕小人不敢留宿也。”商鞅无奈，只好率眷属离开，不由得仰天长叹说：“鞅设此法，乃自害其身也。”自此，商鞅等不敢再入客栈投宿。
商鞅一行人，忍饥挨饿，日夜兼程，数日之后，离开了秦国来到了魏国的邺城，欲入城暂避一时。可是，此时魏国也接到了秦国的通缉。当魏国的邺城令襄疪闻知商鞅前来扣关避难，非常不乐，传令紧闭城门，亲自蹬上城楼对商鞅说：“商君，末将已接到魏王旨意，不许放其入关。只因，昔日诱骗公子卬之故也。公子卬与商君如此友善，尚且能施此毒计，可知尔是何等反复无常奸诈之人哉！”商鞅闻听解释说：“鞅与公子卬虽友，但其为魏将，鞅为秦臣，两敌国交兵，岂能以友而废国事乎。再则，公子卬虽为秦俘，但待若上宾，故后仕秦也。”襄疪闻听又说：“既如此之说，秦、魏乃敌国，汝为秦相，故不可放其入关也。”商鞅见魏不能容纳自己，便请求说：“鞅不在魏久留，只是借路前往他国可否？”襄疪回答说：“不可！魏王不愿因汝而结怨于秦君矣。”尸佼在一旁听罢劝商鞅说：“魏王都不敢得罪于秦君，其他诸国恐亦难容之，何不退回於、商之地，再作计议矣。”商鞅思虑再三，别无他策，只好回到封邑再说。
商鞅与眷属、尸佼等回到於、商封邑，集中了十五邑的兵力，万余之众，准备自守。可是，秦惠文公在公子虔等重臣的挑唆下，岂能容其自立，立即命左庶长操为大将军，公孙贾为副将，率领数万秦军，前往於、商围剿商鞅。
商鞅深知秦军之利害，不敢正面与秦军力战，便率领自己的兵马离开於、商之地，夺取了靠近渭水的郑城。左庶长操与公孙贾，率领秦军杀到於、商，扑了个空，闻知商鞅已攻占郑城，心中焦急。郑城乃郑县治所在，城高墙厚，是个大城，易守难攻。左庶长操与公孙贾不敢怠慢，立即率军进攻郑城。
商鞅夺取郑城后，便欲招募兵马，扩张势力，以利再战。可是，郑县之民皆惧怕秦法严酷，愿应招者寥寥。而左庶长操与公孙贾所率领的秦军，数日之后便杀至郑城。商鞅再想退出郑城已晚，唯有坚守。商鞅与秦军苦战数十日，虽然是使秦军损失不小，但自己的损失亦是惨重，同时又得不到城内庶民百姓的支持，实难守住郑城。这时，尸佼向商鞅建议说：“郑城不可再守，唯有突围方为上策也。”商鞅沉思半晌说：“兄所言甚是也。坐以待毙，莫若拼死突围，尚能有一线生机，再图大业矣。”尸佼又说：“若突围可兵分两路，仆率军先从东门而出，以吸引秦军，商君可从西门而出。然后会于巴蜀荒僻之地，再图大业也。”
二人商定后，尸佼先率军从东门杀出，秦军见商鞅意欲突围，便蜂拥而上，截杀一阵，却不见商鞅踪影。当闻知西门又有兵士杀出，秦军便弃尸佼于不顾，反身杀向西门。这样，尸佼便杀出重围，逃入蜀地隐居起来，开始著书立说。著作有《尸子》，二十篇，六万余言，传于后世，十余年后死于蜀地。《尸子》一书中，提出“四方上下，曰宇，往来古今，曰宙。”这是中国典籍中，找到的与现代“时空”概念最好的对应。
商鞅见秦军皆奔东门杀去，便打开西门突围而出。但并没有退往巴蜀荒僻之地，而是想先回到於、商封邑。当商鞅来到彤地时，左庶长操所率秦军已杀至近前。商鞅无奈，只好再战。但此时，与秦军相比，自己的兵马甚弱，很快败逃已尽，最后，商鞅亦战死于乱军之中。
秦惠文公闻知商鞅已死，心中稍安。可是公子虔等仍不肯罢休，向秦惠文公献谗言说：“历代叛臣莫如商君也。死后安能罢休乎？当施车裂之刑哉！”秦惠文公听罢便传旨，在彤地将商鞅之尸，施车裂之刑，遂灭商鞅三族。
商鞅已死，欲知商鞅之法在秦国能否再行，且听下回分解。
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